En Colombia se encuentran entre 45.000 y 55.000 especies de plantas, de las cuales aproximadamente la tercera parte son endémicas, como las orquídeas con 3.500 especies y 258 especies de palmas.
El país también cuenta con el mayor número de especies de colibríes del planeta, de mariposas diurnas del mundo con 3.500 especies y posee las dos terceras partes de especies de agua dulce de Suramérica con 3.000 de ellas.
En cuanto a vertebrados terrestres, Colombia ocupa el tercer lugar en la escala mundial, con 3.347 especies, de las cuales 1.815 son aves, que constituyen el 20% del total de aves del mundo y 456 especies de mamíferos, que representan el 7% del total mundial.
En reptiles posee 520 especies, que constituyen el 6% del total; en anfibios, aunque actualmente posee alrededor de 630 especies, correspondiente al 10% del total, periódicamente se reportan especies nuevas.
No obstante, existen diversas causas directas de pérdida de la biodiversidad en Colombia, ubicándose dentro de las principales: la transformación de hábitats y ecosistemas naturales; la sobreexplotación de recursos biológicos y el tráfico ilegal de especies; el cambio climático; las especies invasoras y la contaminación ambiental derivada de procesos productivos.
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